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建筑工程学院2005年获批岩土工程二级学科硕士授权点，2006年开始招收岩土工程硕士研究生，2011年获批土木工程一级学科硕士授权点，2012年起，可同时在岩土工程、结构工程、防灾减灾工程及防护工程三个二级学科招生，岩土工程二级学科为黑龙江省省级领军人才梯队。主要研究方向包括：边坡稳定性及控制理论与技术、矿山工程岩体稳定性控制理论与技术、工程岩土体特性测试理论与技术、工程结构可靠性及优化设计理论与技术、工程结构设计理论与技术、工程结构抗震分析理论与技术。
土木工程一级学科硕士点以土木工程结构实验室、土木工程材料实验室和土力学实验室为依托组成科研平台，为研究生的培养提供了良好的研究环境。以服务区域经济发展、培养土木工程领域应用研究型高层次人才为目标，以岩土工程省级领军人才梯队建设为依托，深入开展岩土工程边坡稳定性控制理论与技术、工程岩土体特性测试理论与技术、寒区高铁路基动力响应与冻融特性分析、结构抗震混合试验技术等领域的研究工作。
学科现有硕士生导师13人，其中教授7人，具有博士学位人员12人，在读博士1人。主持完成国家自然科学基金等国家级科研项目3项，主持和参与省部级科研项目10余项，主持厅局级科研项目近20项；获得省部级科学技术进步奖2项、教育部科学技术发明奖1项、厅局级科学技术进步奖3项；发表科研论文300余篇，其中三大检索收录论文66篇次，获得发明专利和实用新型专利20余项，出版专著10余部。
培养目标：为新时代建设服务，坚持“德、智、体、美、劳”全面发展，瞄准科技前沿和土木工程关键领域，培养思想道德素质高，科学基础理论扎实、土木工程专业知识牢固，具有较强的实践能力、科研能力、创新精神、创业能力，适应和满足国家经济建设和发展，具有良好职业素养的高层次应用研究型专门人才。
建筑工程学院建筑与土木工程（现为土木水利）领域专业学位硕士点于2010年获批设立，2010年开始招收硕士研究生，设土木工程研究领域。主要研究方向有：边坡稳定性监测及控制理论与技术、工程岩体稳定性控制理论与技术、工程岩土体特性测试理论与技术、工程结构可靠性及抗震分析理论与技术、工程结构设计理论与技术。
现有硕士生导师13人，其中教授7人，具有博士学位人员12人，在读博士1人。聘请校外兼职有工程经验导师28名。获批教育部“国际产学研用合作会议框架下中外导师联合培养研究生项目”，与俄罗斯远东联邦大学联合培养硕士研究生，培养具有创新精神、实践能力和国际素养的高素质人才。主持完成国家自然科学基金等国家级科研项目3项，主持、参与省部级科研项目10余项，主持厅局级科研项目近20项；获得省部级科学技术进步奖2项、教育部科学技术发明奖1项、厅局级科学技术进步奖3项；发表科研论文300余篇，其中三大检索收录论文66篇次，获得发明专利和实用新型专利20余项，出版专著10余部。
实验平台方面，学院共有土木工程结构实验室、土木工程材料实验室、土力学实验室、建筑学实验室和计算机辅助设计与土木建筑计算机综合实验室5个实验室，为研究生的培养提供了良好的研究环境。突出实践教学和学生创新能力培养，共建有校内外实践基地18个。
培养目标：以适应经济建设和社会发展需求为目标，坚持立德树人的根本任务，依托学校人才培养优势，明晰培养定位，突出培养特色，服务于工程类硕士专业学位研究生职业发展需求，加强实践能力培养。培养专业知识结构合理、社会责任合格，掌握土木工程领域坚实理论，具有一定创业精神，具备较好的行业领域所需的综合素养、工程实践能力强的高层次应用型工程技术和工程管理人才。